Esta labor de secuenciación masiva permite al Gobierno confirmar que estamos ante la variedad de África Occidental. Asimismo, la secuenciación ha alcanzado una cobertura del 100% de los 190.000 pares de bases del genoma de este virus, lo cual abre la posibilidad de estudios filogenéticos más avanzados que permitirán obtener información adicional sobre su comportamiento y comprender mejor su origen, circulación y difusión.
De momento, se trata de una de las secuencias más completas obtenidas por los países afectados. La secuenciación llevada a cabo a través del Laboratorio de Arbovirus del ISCIII, en conjunto con las unidades de Genómica y Bioinformática del, ha contado con las referencias publicadas en los últimos días por Bélgica, Alemania, Portugal y Estados Unidos, y se ha basado además en una tecnología genómica de nueva generación mapeada contra genoma de referencia, a lo que se ha sumado un análisis complementario de las muestras mediante una técnica conocida como ensamblado de novo.
Brote actual
Las secuencias empleada se terminaron de obtener el pasado lunes por la noche y el análisis de computación se ha realizado en las últimas 36 horas. Los resultados demuestran que las muestras secuenciadas parecen pertenecer al mismo brote detectado en otros países europeos, ya que los genomas obtenidos apenas difieren de los ya secuenciados en otros países.
El análisis realizado en el ISCIII concluye que hay menos de 5 SNP (secuencias genéticas denominadas cambios de nucleótidos sencillos) de diferencia respecto a la secuenciación llevada a cabo en Alemania. Así, la secuenciación confirma que el virus de la viruela del mono del brote que se está produciendo en España es del clado de África Occidental, que es el de menor virulencia entre los conocidos.
Ahora bien, ¿Qué son los clados? Son grupos filogenéticos que definen la evolución biológica de un organismo, que explican cómo actúa y se comporta, y en ellos se pueden observan las diferencias genéticas de los virus circulantes.
Tras obtener la secuencia completa del virus, varios equipos de investigadoras del ISCIII están llevando a cabo análisis filogenéticos para conocer la relación entre las muestras españolas y las de otros países.
Toda la información obtenida asta ahora se depositará en las ya conocidas bases de datos internacionales para evaluar el grado de identidad y, en su caso, la localización de las diferencias que pudieran existir entre la secuencia española y los demás datos internacionales. De esta manera, se podrán realizar los estudios de trazabilidad del brote, así como identificar potencialmente su origen.
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